3Dスティック：移動
Ｃスティック：向きを変える(照準の移動）
Ｂボタン：しゃがむ
Ａボタン：アクションの実行、トラップ作動
  

十字キー↑：EMハック
十字キー↓：極性シールド
十字キー←：MRIビジョン
十字キー→：磁力フィールド
Ｘボタンで選択しているゴールデンアイを使用
  

●装備する
Ａ＋Ｒ：落ちている武器を右手に装備
Ａ＋Ｌ：落ちている武器を左手に装備
▲使用する
Ｒボタン：右手の武器を発砲
Ｌボタン：左手の武器を発砲
★武器を捨てる
Ａ＋Ｒボタン(押し続ける）：右手の武器を捨て、スペック9に持ち替える
Ａ＋Ｌボタン(押し続ける）：左手の武器を捨て、S型手榴弾に持ち替える
  

Ｚボタン：殴る
敵がフラフラの時にＡボタン：敵を盾に取る
敵拘束時にＡボタン：盾を投げる(ビルの屋上の場合、突き落とす）